逐步形成了以增值税管理信息系统、综合征管信息系统、出口退税管理信息系统等为主的应用系统格局，在税收征管中发挥了重要作用。
　　1.增值税管理信息系统。1994年实施新税制后，开始建设以增值税管理为主要内容的金税工程一期、二期。目前，增值税防伪税控开票子系统已经覆盖全国约160万户一般纳税人，认证系统、交叉稽核系统、协查系统有效运行，提高了增值税征管水平。
　　2.综合征管信息系统。该系统主要面对税收征管事务处理层，包括管理服务、征收监控、税务稽查、税收法制、税务执行及其他税收日常工作处理等6个业务主功能。预计2006年年底，除上海外，全国国税系统将全部应用综合征管信息系统，并实现征管数据的省级集中。许多省地税局在全省范围内统一应用自行开发的综合征管信息系统或使用税务总局推荐的地税版征管信息系统。
　　3.出口退税管理信息系统。该系统利用税务机关和海关、外汇管理、外贸管理等部门的信息，对企业申报的退税数据进行审核比对，有效防止了骗取出口退税，方便了出口企业报关出口。
　　4.税收执法管理信息系统。该系统由“执法考核系统”和“执法监察系统”两个子系统组成，实现了对税收执法全过程、全方位的跟踪和监督。目前，该系统已在部分省市国税局运行，年底前将推广应用到全国国税系统，并逐步在地税系统推开。
　　5.公文处理系统。该系统主要包括收文发文管理、文件传递运转、立卷归档和查询统计等功能。目前，该系统已基本覆盖了国、地税系统各级单位，在规范公文管理、提高办公效率方面起到了重要作用。
　　另外，还根据征管业务需要开发推广了一些应用系统，比如成品油以进控销系统、车辆购置税征管系统等，个人所得税管理信息系统的开发、试点工作进展顺利。