财务管理司是国家税务总局主管税务系统经费、装备、固定资产、基本建设的职能部门。主要职责是：拟订税务系统财务、基建管理办法；管理税务系统的经费、财务、装备、固定资产；审核汇编税务系统的财务预决算；办理各项经费的领拨。

内设处室：

综合处、预算管理处、支出管理处、国库集中支付处、资产管理处、基本建设管理处、机关财务处。