2021年第1季度预缴企业所得税时，A企业实际应纳所得税额=50万元×12.5%×20%=1.25万元；减免税额=50万元×25%-1.25万元=11.25万元。

第2季度预缴企业所得税时，相应的累计应纳税所得额为150万元，那么A企业实际应纳所得税额=100万元×12.5%×20%+（150万元-100万元）×50%×20%=2.5万元+5万元=7.5万元；减免税额=150万元×25%-7.5万元=30万元。

根据企业所得税法规定，小型微利企业减按20%税率缴纳企业所得税。虽然后续出台了减按50%计入应纳税所得额的政策，今年又出台对小型微利企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按12.5%计入应纳税所得额，对超过100万元但不超过300万元的部分，减按50%计入应纳税所得额的政策，综合来看，属于一项低税率优惠。由于西部大开发优惠也是低税率优惠，企业既符合西部大开发税收优惠条件，又符合小型微利企业所得税优惠条件，可按照自身实际情况从优选择其中一项政策适用优惠税率。

现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算缴纳企业所得税。企业所得税法第五十条第二款规定，“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。由于分支机构不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款，并享受相关优惠政策。